1、工作原理：
水机：系统由室外主机和室内末端装置组成，通过室外主机提供空调冷/热水，由水管系统输送到室内末端装置，水与空气在室内末端处进行热交换来消除房间冷/热负荷。是一种集中产生冷/热量，但分散处理各房间负荷的空调系统型式。
氟机：系统以制冷剂为输送介质，采用变制冷剂流量技术，室外主机由室外侧换热器、压缩机和其他制冷附件组成，室内机由直接蒸发式换热器和风机组成。一台室外机通过管路能够向若干个室内机输送制冷剂液体。通过控制压缩机的制冷剂循环量和进入室内各个换热器的制冷剂流量，都可以适时地满足室内冷、热负荷要求。

2、稳定性：
水机：室外机完成制冷循环的所有过程，是一个完整的空调系统，室内机只是简单的热交换作用，两者互相独立，互不影响，可单独对室内机和室外机进行改造。
氟机：室外机与室内机共同组成制冷系统，一台室内机发生故障，会对其他室内机工作产生影响，室内外机的改造需要同时进行。

3、舒适性：
水机：制冷（热）载体是水，它出风非常温和、舒适；而且水机运行时不带走室内空气水分，能保持空气湿润，舒适是空调水机最大的亮点。
氟机：制冷剂是氟利昂或新冷媒R410A，使用时会带走室内水分，空气较干燥，舒适感稍差。

4、节能性：
水机：采用的是定频技术，但是水的热容量比较大，使用率越大就越节能，适合大面积场所使用。
氟机：采用变频技术，具有控制精度高，高效节能等优点，尤其是对小型的场所，它的节能省电优势更突出。

5、可靠性：
水机：采用双回路设计，多个压缩机，即使一个压缩机回路故障仍然能够继续工作，可靠的涡旋式压缩机，机组运行寿命长，可靠性高。
氟机：只有一台变频压缩机，室外机和室内机的控制全部连接，一旦某台机出现故障，整个系统不能使用。

6、制冷/热速度：
水机：水的热容较大，升温降温比较慢，所以制冷热速度不如氟机快。
氟机：制冷时即开即冷，速度很快。

以上是商用中央空调水机和氟机的主要区别，各有优点，客户在选择的时候根据需求，选择适合的商用空调系统。